离职证明中的解除理由是否合法，主要取决于该理由是否真实、准确，并且不违反相关法律法规的规定。

首先，根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十四条，用人单位出具的解除、终止劳动合同的证明应当写明劳动合同期限、解除或者终止劳动合同的日期、工作岗位、在本单位的工作年限。这是离职证明的必备内容。而对于离职原因，该条例并未做出强制性规定，即它属于可备项，不是必须写明的。

然而，如果用人单位选择在离职证明中写明离职原因，那么应当确保该原因是真实、准确的，并且不违反相关法律法规。例如，如果离职原因涉及到劳动者的负面信息，如“严重违反用人单位的规章制度”或“不能胜任工作”等，这些信息的准确性应当有充分的证据支持，并且不应违反求职平等原则，即不应导致劳动者因此减少或丧失就业机会。

在实际案例中，有劳动者因为离职证明中写明了负面离职原因而提起劳动仲裁或诉讼，但法院并未支持其要求删除离职原因的请求。这是因为法律并未禁止在离职证明中写明离职原因，只要该原因是真实、准确的，并且不违反相关法律法规。

因此，离职证明中的解除理由如果符合真实、准确、不违反法律法规的要求，那么它就是合法的。同时，从保护劳动者权益的角度出发，用人单位在出具离职证明时应当谨慎考虑是否写明离职原因，以及如何表述该原因，以避免给劳动者带来不必要的负面影响。