当电动自行车与机动车发生碰撞并需要赔付机动车费用时，首先要明确的是事故责任的划分。这一过程通常由交警根据现场勘查、当事人陈述等信息来出具事故责任认定书。

一、确定责任

• 若电动自行车全责，那么电动自行车的驾驶人需要承担机动车的全部维修费用以及可能产生的人员受伤医疗费用、误工费、护理费等。
• 若双方都有责任，则赔偿会按照责任比例来分担。例如，如果机动车和电动自行车被认定为主次责任，可能会按照7:3或类似的比例来承担各自的损失。

二、赔偿项目

1. 机动车损坏维修费用：根据机动车的实际损坏情况，由专业维修机构出具的维修费用清单来确定。
2. 人员受伤医疗费用：包括受伤人员的医疗费、误工费、护理费等。医疗费根据实际支出计算，误工费则根据伤者因误工减少的收入来确定。
3. 残疾赔偿金：如果事故导致人员伤残，还需要根据伤残等级来支付残疾赔偿金。

三、赔偿方式

• 如果电动自行车属于非机动车，那么赔偿通常由电动自行车的驾驶人个人承担。
• 如果电动自行车被认定为机动车（例如某些超标电动车），那么赔偿会先由交强险在责任限额内进行赔付，不足部分再按照责任比例由双方承担。

四、注意事项

• 在处理赔偿事宜时，双方应尽量保持冷静，通过协商来达成赔偿协议。
• 如果协商不成，受伤方或受损方可以通过民事诉讼来解决赔偿问题。法院会根据证据及相关法律规定来判定赔偿金额，以确保各方的合法权益得到保障。

综上所述，电动自行车赔付机动车费用的过程涉及多个方面，包括责任划分、赔偿项目、赔偿方式以及注意事项等。在处理此类事故时，建议双方及时报警、保留证据，并尽快与相关专业人士咨询以获取更详细的指导和帮助。