发票公司名称与购买店铺营业执照名称不一致，在一般情况下是不合法的，可能构成虚开发票的行为。具体分析如下：

一. 法律法规依据与通常情况

1. 《中华人民共和国发票管理办法》：根据相关规定，发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。这意味着发票上的所有信息，包括公司名称，都应当真实、准确，与实际情况相符。
2. 《中华人民共和国税收征收管理法》：该法也强调了纳税人应当如实申报纳税，并提供真实、准确的税务资料。发票作为税务资料的重要组成部分，其信息的真实性至关重要。

在正常情况下，发票上的公司名称应当与购买店铺的营业执照名称保持一致，以确保交易的真实性和合法性。如果两者名称不一致，很可能被视为虚开发票，这是违法的。

二. 可能的情况与后果

1. 虚开发票：如果发票公司名称与购买店铺营业执照名称不一致，且没有合理的解释或证明，那么很可能被认定为虚开发票。虚开发票是严重的违法行为，不仅可能导致税务处罚，还可能涉及刑事责任。
2. 税务风险：名称不一致可能导致税务部门对交易的真实性产生怀疑，从而引发税务稽查。这可能会给企业带来不必要的税务风险和成本。
3. 商业信誉损害：名称不一致也可能影响企业的商业信誉。客户或合作伙伴可能会对此产生疑虑，进而影响未来的合作。

三. 处理建议

1. 及时更正：如果发现发票公司名称与购买店铺营业执照名称不一致，应立即更正并重新开具正确的发票。
2. 加强内部管理：企业应加强对发票开具和管理的内部控制，确保发票信息的真实性和准确性。
3. 咨询税务部门：对于复杂或不确定的情况，建议及时咨询税务部门或专业律师，以获取准确的法律意见和指导。

综上所述，发票公司名称与购买店铺营业执照名称应当保持一致。如果发现不一致的情况，应及时更正并采取措施避免类似问题再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。