如果公司遗失了涉密文件，这是一件非常严重的事情，需要立即采取一系列措施来处理。以下是一些详细的步骤和建议：
立即响应与报告
保持冷静：首先，涉事人员需要保持冷静，避免惊慌失措，以便能够有条理地处理后续事宜。
紧急报告：立即向公司的保密部门、安全部门或相关负责人报告文件丢失的情况。报告时应如实说明丢失文件的内容、密级、丢失时间和可能地点等关键信息。
启动应急预案：公司应有一套完善的应急预案来应对此类情况，包括但不限于立即组织搜索、通知相关单位、准备补救措施等。
搜索与排查
组织搜索：在报告的同时，应组织力量在可能的范围内进行搜索，包括办公场所、文件传递途径、可能接触文件的人员等。
人员排查：对可能接触到该文件的人员进行详细的排查和询问，了解是否有异常行为或线索。
监控回查：如果公司有安装监控设备，应尽快回查相关时段的监控录像，以寻找文件丢失的线索。
补救与通知
及时补救：如果确定文件已丢失且无法找回，公司应立即采取补救措施，如发布声明、通知相关单位和人员等，以防止文件内容被泄露或滥用。
法律支持：必要时，公司应寻求法律支持，包括向公安机关报案、咨询专业律师等，以维护公司的合法权益。
调查与处理
内部调查：对事件进行全面调查，查明文件丢失的具体原因，包括人为疏忽、制度漏洞等。
总结经验：根据调查结果，总结经验教训，完善公司的保密制度和文件管理制度，防止类似事件再次发生。
处理责任人：根据公司的相关规定和程序，对造成文件丢失的责任人员进行相应的处理，包括但不限于警告、罚款、辞退等。
后续防范
加强培训：加强对员工的保密意识和技能培训，提高员工对保密工作的重要性和认识。
完善制度：进一步完善公司的保密制度和文件管理制度，明确文件的管理流程、责任人和安全措施。
定期审计：定期对公司的保密工作和文件管理工作进行审计和检查，确保各项制度得到有效执行。
综上所述，公司遗失涉密文件是一件非常严重的事情，需要立即采取一系列措施来处理。通过及时报告、组织搜索、补救通知、调查处理以及后续防范等步骤，可以最大程度地减少文件丢失对公司造成的影响和损失。