工程合同约定三年后验收是合法的。但这一约定的合法性取决于合同的具体内容以及是否违反相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同自由原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是当事人之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。
   • 当事人依法享有自愿订立合同的权利，任何单位和个人不得非法干预。
   • 因此，只要合同双方自愿且内容合法，约定三年后验收是合法的。

2. 合同内容的合法性：

   • 工程合同的验收条款应当明确、具体，且不得违反国家强制性法律法规。
   • 如果合同约定的验收期限、条件等符合相关法律法规的规定，且双方均无异议，则三年后验收的约定是有效的。

3. 可能的风险与注意事项：

   • 长时间的验收期限可能增加合同履行的不确定性，如市场变化、技术进步等可能导致验收标准的变化。
   • 因此，在签订合同时，双方应充分考虑并明确约定验收期限的合理性、验收标准的确定性以及违约责任等条款。
   • 同时，为确保合同的顺利履行，双方还应加强沟通与合作，及时解决合同履行过程中出现的问题。

综上所述，工程合同约定三年后验收是合法的，但前提是合同内容合法且双方自愿。在签订合同时，双方应充分考虑并明确约定相关条款，以确保合同的顺利履行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。