与网商贷协商只还本金后被划扣，可以通过以下途径追回款项。
一. 分析划扣原因与合法性
确认划扣原因：首先，需要确认网商贷划扣款项的具体原因。划扣可能是因为协商不一致、逾期利息、银行代扣或系统错误等原因。
判断划扣合法性：依据《合同法》及《消费者权益保护法》的相关规定，如果划扣未经借款人明确授权或违反了双方协商一致的还款方案，那么该划扣行为可能构成对借款人财产权利的侵犯，借款人有权要求退款。
二. 追回款项的步骤
联系网商贷客服：
说明情况：借款人应尽快与网商贷客服取得联系，详细说明协商只还本金后被划扣的情况，并提供相关证据，如协商记录、扣款记录等。
请求退款：明确表达要求退回被划扣款项的意愿，并询问退款流程。
提交退款申请：
准备材料：借款人需要准备借款合同、还款凭证、协商一致的证据（如录音、短信、邮件等）以及错误扣款的证据（如银行流水、转账记录等）。
提交申请：通过网商贷的官方渠道（如APP、官网等）提交退款申请，并附上相关证据材料。
审核与退款：
审核流程：网商贷会对借款人的退款申请进行审核，确认退款条件是否合法合规。
退款处理：审核通过后，网商贷会按照退款流程将款项退回借款人指定的银行账户。
三. 其他维权途径
向相关监管机构投诉：如果网商贷客服未能妥善处理退款事宜，借款人可以向市场监管理部门、银行监管机构或消费者权益保护组织等有关部门投诉，请求保护自己的合法权益。
寻求法律援助：如果以上途径均未能解决问题，借款人可以咨询律师，探讨是否可以通过法律手段保护自己的权益。例如，提起诉讼或仲裁程序，请求网商贷返还误扣款项。
四. 建议与提醒
保留证据：在整个过程中，借款人应保留所有与网商贷相关的通信记录、退款申请记录等证据，以便在后续跟进中提供。
及时沟通：与网商贷客服保持及时沟通，了解退款进度，避免不必要的误解和纠纷。
遵守法律法规：在协商还款和维权过程中，借款人应遵守相关法律法规，维护自身合法权益。
如有进一步需要，您可以继续咨询我。