违约金申请免除并不一定要求必须先还上第三方的垫款。这个问题涉及的具体情况和处理方式可能会因实际案例的细节而有所不同，以下是从几个不同角度的分析：
合同条款的约定：首先需要查看合同中是否有关于违约金免除的具体条款。如果合同中明确规定了免除违约金的条件，并且这些条件并不包括必须先还上第三方垫款，那么就不需要先还上垫款就可以申请免除。
法律法规的规定：在某些情况下，法律法规可能会对违约金的免除做出规定。如果相关法规并未要求必须先还上第三方垫款作为免除违约金的前提，那么同样不需要先还上垫款。
协商与谈判：即便合同和法律没有明确规定，当事人之间也可以通过协商来达成违约金免除的协议。在这种情况下，是否需要先还上第三方垫款，将取决于双方的谈判结果和协商意愿。
第三方垫款的性质：还需要考虑第三方垫款的性质。如果垫款是作为一种借款或临时资金支持，并且与违约金的免除没有直接关联，那么通常不需要先还上垫款才能申请免除违约金。
综上所述，违约金申请免除是否必须先还上第三方的垫款，并没有一个固定的答案。它取决于合同的具体条款、法律法规的规定、当事人之间的协商以及第三方垫款的性质等多个因素。因此，在处理这类问题时，建议仔细审查相关合同和法规，并考虑与对方当事人进行充分沟通，以达成最符合双方利益的解决方案。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。