关于无牌三轮车拉石子的处罚问题，这主要涉及到道路交通法规和无照经营的相关规定。以下是对此问题的详细解答：

一、法规依据

1. 《中华人民共和国道路交通安全法》：该法规定，机动车必须经公安机关交通管理部门登记后，方可上道路行驶。同时，机动车应悬挂机动车号牌，并遵守相关的装载规定。

2. 地方性法规：如北京市的《北京市实施〈中华人民共和国道路交通安全法〉办法》以及特定地区的如石台县人民政府的答复函等，都进一步细化了对三轮车等交通工具的管理规定。

二、处罚措施

1. 扣押与没收：对于无牌三轮车拉石子等违法行为，公安交通管理部门有权依法扣押违法车辆，并在一定情况下予以没收。

2. 罚款：根据违法行为的严重程度和具体法规，违法者可能会面临一定数额的罚款。

3. 治安处罚与刑事责任：如果违法者阻碍执法或构成犯罪，还可能面临治安处罚或刑事责任的追究。

三、实际执行

1. 专项整治：多地政府会定期开展针对无牌三轮车的专项整治行动，以维护道路交通秩序和公共安全。

2. 宣传教育：在执法过程中，相关部门也会注重对违法者的宣传教育，提高其交通安全意识。

四、建议与提醒

1. 合规运营：对于需要运输石子等物资的情况，建议使用合规的有牌有证车辆进行运输，以确保安全和合法。

2. 了解法规：在从事相关运输活动前，建议详细了解并遵守当地的道路交通法规和无照经营的相关规定。

综上所述，无牌三轮车拉石子属于违法行为，一旦查处，将面临扣押、没收、罚款等处罚措施。因此，建议相关从业者遵守法律法规，使用合规车辆进行运输，以确保自身和他人的安全。