投资在建工程的工程款不可以直接作为公司出资。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与解释

根据《中华人民共和国公司登记管理条例》及相关法律规定，股东的出资方式应当符合《公司法》的规定。虽然《公司法》规定股东可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资，但在实际操作中，对于在建工程作为出资方式的具体登记办法并未出台。因此，在实务中，工商部门目前不接受在建工程作为出资方式。

二、实际操作建议

1. 完工入账后再投资：建议在建工程最好能完工并入账后，再以其价值作为投资注入公司。这样，该资产就已经转化为可以明确估价并容易转让的财产，更符合公司出资的要求。

2. 评估与验资：若确实有意将在建工程的价值转化为公司出资，可以考虑先通过具有评估资格的资产评估机构对在建工程进行评估作价，然后由会计师事务所进行验资，并作出验资报告。然而，即使完成这些步骤，仍需注意工商部门的接受程度，并可能需要进一步咨询当地工商部门的具体要求。

三、注意事项

• 法律风险：在建工程作为出资方式在法律上尚存在不确定性，因此在进行此类操作时应充分考虑法律风险，并咨询专业律师的意见。
• 政策变化：随着法律政策的不断完善和更新，对于在建工程作为出资方式的规定可能会发生变化。因此，在进行相关操作前，应密切关注相关法律政策的变化。

综上所述，投资在建工程的工程款目前不能直接作为公司出资。建议在实际操作中遵循法律规定，并咨询专业律师的意见，以确保操作的合法性和有效性。若您有其他关于公司出资或相关法律问题，欢迎随时向我咨询。