学校不给没有合作的实习单位盖章，但学生有联系函和公章，并不意味着学校不让学生自主实习。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
一. 学校对实习单位的要求与盖章行为
- 学校通常会对实习单位有一定的要求，比如希望学生能在与学校有合作关系的单位实习，以确保实习质量和学生的安全。
- 学校盖章通常是对学生实习单位的一种认可，也是对学生实习行为的一种管理。
二. 学生自主实习的权利与学校的限制
- 学生自主实习是受到法律保护的。根据《中华人民共和国教育法》和《高等学校学生管理规定》，学生有权利选择适合自己的实习单位，学校不应无故限制。
- 学校虽然有权对学生的实习进行管理，但这种管理应当是基于对学生利益的考虑，而不是无理的干涉。
三. 联系函与公章的法律效力
- 联系函和公章是实习单位对学生实习意愿和实习安排的认可，具有一定的法律效力。
- 如果学生已经获得了实习单位的联系函和公章，说明实习单位已经同意接收学生实习，学校无理由拒绝盖章。
四. 学校的盖章义务
- 在学生已经提供了合法的实习单位证明（如联系函和公章）的情况下，学校应当履行盖章的义务，以确认学生的实习安排。
- 如果学校无故拒绝盖章，可能构成对学生实习权利的侵犯，学生可以依法向学校提出申诉或向教育部门反映情况。
综上所述，学校不给没有合作的实习单位盖章，但学生有联系函和公章，并不表示学校不让学生自主实习。学生有权选择自己的实习单位，并且在学校认可了实习单位的联系函和公章后，学校应当履行盖章的义务。如果学校拒绝盖章，学生可以依法维护自己的实习权利。如有进一步需要，您可以继续咨询我。