当公司账户被冻结时，支付仲裁报酬确实会成为一个挑战，但仍有多种方式可以妥善处理这一问题。以下是一些建议来确保仲裁报酬的支付：

首先，如果公司仍然具备财务能力，应尽可能确保及时支付仲裁报酬，并明确告知员工尚有多少未支付的报酬，以便员工了解并做后续索求的准备。

若账户冻结时间较短，预计能在30天内解冻，公司可以召开员工大会或员工代表大会，与员工协商并达成一致，暂缓支付仲裁报酬，但延期支付的时间不应超过30天。

如果账户冻结时间超过30天，公司应与员工进一步协商，达成延期支付仲裁报酬的共识。双方可以根据实际情况，灵活约定支付的时间和方式。

在替代支付方式方面，公司可以考虑使用支票、现金、信用卡或借记卡等其他支付手段来发放仲裁报酬。如果条件允许，还可以委托劳务公司或专业机构代为发放工资，这些机构通常具备完善的支付系统，能够确保报酬的及时、准确支付。

此外，公司应秉持公平、公正的态度，与员工进行充分沟通，解释账户冻结的原因和现状，以及公司正在采取的措施来解决问题。通过透明化的沟通，可以增强员工的信任和理解。

如果公司因账户冻结而无法按时支付仲裁报酬，员工有权向当地劳动监管大队投诉或向劳动仲裁机构提出申诉。公司应尊重员工的权益，积极配合相关部门的调查和处理。

最后，为了避免类似情况的再次发生，公司应加强对账户的管理和监控，确保财务安全。同时，也可以考虑建立应急支付机制，以应对可能出现的突发情况。

总之，尽管公司账户被冻结会给仲裁报酬的支付带来困难，但只要公司积极应对、与员工充分沟通，并采取合适的替代支付方式，就能够妥善处理这一问题，确保员工的权益得到保障。