犯罪所得出资入股是一个涉及多个法律层面的复杂问题，其处理需严格遵循相关法律法规，确保合法性与公正性。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与处理原则
《中华人民共和国刑法》第六十四条明确规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。这是处理犯罪所得出资入股的基本法律依据，意味着用犯罪所得出资入股的资金及其产生的收益都将被依法追缴。
《中华人民共和国公司法》及其相关司法解释也对此类问题有明确规定。对于用违法所得出资的情况，公司可通过拍卖或变卖方式处置该股东的股权，以追缴犯罪所得。
二、处理流程与措施
刑事程序中的处理：
- 追缴与没收：司法机关（包括公安机关、检察院、法院）在刑事诉讼过程中，有权对查明的犯罪所得及其产生的收益进行追缴或责令退赔。入股资金若被确认为犯罪所得，将依法追缴并上缴国库或返还被害人。
- 犯罪情节认定：使用犯罪所得出资入股的行为将被视为衡量犯罪嫌疑人犯罪情节的因素之一，可能影响量刑。
- 冻结与解除：若股权被公安机关冻结，则无法转让，需等待法律程序的进一步处理。如需强制转让犯罪所得资金入股的股权，应依据公司法相关规定执行。
民事程序中的处理：
- 公司内部关系：若其他股东知晓或应知某股东的入股资金为犯罪所得，该入股行为可能被认定为无效。其他股东可通过民事诉讼请求法院确认该股权无效，并从公司股权结构中剔除。
- 善意第三人权益保护：为维护交易安全和善意第三人的合法权益，若善意第三人已支付合理对价并办理股权变更登记，其取得的股权一般不会被轻易否定。但原犯罪所得入股的股东仍需依法承担责任。
行政程序中的处理：
- 市场监管等行政部门在发现此类情况时，可根据具体情形对涉及犯罪所得入股的公司采取措施，如要求整改、暂停相关股东权益行使等。情节严重的，可对公司进行行政处罚。
三、注意事项
- 在处理犯罪所得出资入股问题时，必须严格遵循法律法规，确保处理的合法性和公正性。
- 应明确区分犯罪所得与被害人的合法财产，及时返还被害人的合法财产。
- 对于违禁品和供犯罪所用的本人财物，应依法予以没收。
综上所述，犯罪所得出资入股的处理是一个综合性的法律问题，涉及刑法、公司法及相关司法解释等多个方面。在处理过程中，既要严厉打击犯罪行为，又要保护合法权益，维护法律秩序和社会公正。