当土地承包证上的面积与实际面积不符时，应首先明确以实际测量面积为准，并可通过以下步骤来处理这一差异：

结论前置：土地承包证面积与实际不符，需按实际面积为准，并向土地管理部门或原发证机关申请更正登记。

1. 核实测量数据：

   • 聘请专业测绘机构或人员，使用科学、准确的测量工具和方法进行实地测量。
   • 确保测量结果的准确性，并与承包合同中的面积进行对比，确认差异。

2. 提交更正申请：

   • 向颁发土地使用权证书的相关单位（如土地管理部门或原发证机关）提交更正登记申请。
   • 申请时需准备以下材料：完整的土地使用权证书原件、能够证明土地使用权证书登记确实出现错误的相关凭证材料（如实际测量报告）、以及其他必要的辅助性证明文件。

3. 等待审核与变更：

   • 相关部门会对申请进行审核，如情况属实，会依法予以更正并重新核发土地证。
   • 若涉及复杂的法律或行政程序，需耐心等待并积极配合相关部门的调查和审核工作。

4. 处理争议：

   • 若在更正过程中与他人存在面积争议，可先尝试通过协商解决。
   • 协商不成的，可向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可向人民法院起诉。

5. 法律依据：

   • 根据《不动产登记暂行条例实施细则》第七十九条，权利人、利害关系人认为不动产登记簿记载的事项有错误，可以申请更正登记。
   • 提交更正登记申请时，需按照法规要求提供不动产权属证书、证实登记确有错误的材料以及其他必要材料。

在处理此类问题时，务必保留好所有相关证据，包括承包合同、测量报告、沟通记录等，以备后续使用。同时，也要注意与相关部门保持沟通，积极配合他们的调查和审核工作，以确保问题能够得到妥善解决。