公司发工资发支付宝是合法的。具体分析如下：

1. 支付方式合法性：

   • 支付宝作为一种电子支付工具，在法律上是被认可的支付手段。根据《中华人民共和国人民币银行结算账户管理办法》以及《工资支付暂行规定》等相关法律条文，只要劳资双方达成一致意见，并且能够按照约定准时且足额地将薪资打入员工所指定的银行账号或第三方支付平台账户（如支付宝），这种方式就属于被现行法制所认可和许可的范畴之内。

2. 劳动法规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。这里的“货币形式”并未限定为现金或银行转账，因此电子支付（如支付宝）也包含在内。只要确保工资能按时、足额地发放到员工手中，就符合劳动法的规定。

3. 税务合规性：

   • 使用支付宝发工资时，企业应依法代扣代缴个人所得税等税费，并如实申报纳税。这是确保工资发放合法性的重要一环。

4. 员工权益保障：

   • 员工应能自由支配收到的工资，且企业不得以任何理由限制或干涉。同时，企业应提醒员工妥善保管支付宝账户信息，避免泄露风险。

综上所述，公司使用支付宝发工资在特定条件下是合法的，但需满足相关法律规定和监管要求，包括确保支付方式合法、遵守劳动法规定、税务合规性以及保障员工权益等。因此，只要公司按照这些要求操作，使用支付宝发工资就是合法的。