维修店擅自改装摩托车的，将由质量技术监督部门没收非法生产、销售的机动车成品及配件，可以并处非法产品价值三倍以上五倍以下罚款；有营业执照的，由工商行政管理部门吊销营业执照，没有营业执照的，予以查封；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。以下是具体的分析：

一. 维修店改装摩托属于违法行为

• 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，生产、销售擅自改装的机动车是违法行为。维修店擅自改装摩托车，同样属于这一范畴。

二. 处罚措施

1. 没收与罚款：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第一百零三条，擅自生产、销售未经国家机动车产品主管部门许可生产的机动车型（包括改装车），将被没收非法生产、销售的机动车成品及配件，并可以并处非法产品价值三倍以上五倍以下罚款。
2. 营业执照处理：对于有营业执照的维修店，将由工商行政管理部门吊销其营业执照；没有营业执照的，将予以查封。
3. 刑事责任：如果维修店的生产或销售行为构成犯罪，还将依法追究其刑事责任。

三. 法律依据

• 《中华人民共和国道路交通安全法》第一百零三条明确规定了擅自生产、销售改装机动车的处罚措施。
• 同时，《中华人民共和国产品质量法》第四十九条也对生产、销售不符合标准的产品（包括改装产品）规定了相应的处罚。

综上所述，维修店擅自改装摩托车是违法行为，将面临严厉的处罚措施，包括没收非法产品、罚款、吊销营业执照以及可能的刑事责任。我建议维修店应严格遵守相关法律法规，不要进行擅自改装摩托车的行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。