关于工程林地被占用怎么赔偿的问题，这主要取决于土地被占用的性质以及当地的相关政策法规。以下是根据不同情况提供的详细解答：
一、国家征收性质的林地占用
如果工程占用林地是出于国家征收的需要，那么赔偿将遵循国家征收土地的补偿标准。这通常包括以下几个方面：
土地补偿费：
- 这是对因土地征收造成的土地所有者和使用者投入及收益损失的补偿。补偿费归农村集体经济组织所有，但会考虑到土地使用者（如林农）的权益，通过其他方式（如安置补助费）进行补偿。
安置补助费：
- 用于安置以土地为主要生产资料并取得生活来源的农业人口。这部分费用是专款专用的，按安置情况分配。
地上附着物和青苗补偿费：
- 这包括林地上的树木、药材等附着物以及农作物的补偿。对于您提到的药材损失，这部分费用应该能够涵盖。补偿标准通常按林地年产值倍数计算，具体数额需结合当地实际情况及评估确定。
社会保障费用：
- 被征地农民将被纳入养老等社会保障体系，以确保其长远生计有保障。
二、非国家征收性质的临时占地
如果工程占用林地是临时性的，且非出于国家征收的需要，那么补偿内容和标准通常由双方协商确定。这可能包括：
- 青苗及农作物损失补偿：针对临时占地影响农作物（包括药材等）种植和收获的补偿。
- 其他直接经济损失补偿：因临时占地对土地使用者生产经营造成的其他损失。
在这种情况下，双方应签订临时占地补偿协议，明确补偿金额、支付方式和期限等内容。
三、实际操作建议
- 了解政策法规：首先了解当地关于工程占地补偿的相关政策法规，明确土地被占用的性质及相应的补偿标准和方式。
- 与占用方协商：如果认为赔偿不合理，可以与占用方进行协商，提出自己的诉求和依据。
- 寻求法律援助：如果协商无果，可以寻求当地自然资源主管部门或专业律师的帮助，通过申请行政复议或提起行政诉讼等途径解决争议。
综上所述，工程林地被占用的赔偿问题涉及多个方面，包括土地性质、补偿内容、补偿标准以及实际操作建议等。在处理此类问题时，应综合考虑各种因素，并遵循相关法律法规和政策规定进行操作。