违规操纵股票案件一般由中国证监会及其派出机构进行管辖。

详细来说，根据《中华人民共和国证券法》及相关法律法规，中国证监会作为国务院证券监督管理机构，依法对全国证券市场实行集中统一监督管理，包括了对证券发行、交易、信息披露、上市公司收购等活动的监管。其中，操纵证券市场是一种严重的证券欺诈行为，违反了证券市场的公平、公正、公开原则，因此中国证监会及其派出机构有权对违规操纵股票案件进行调查、处罚。

在具体操作中，如果发现有涉嫌操纵股票市场的行为，中国证监会及其派出机构会依法进行立案调查，收集证据，并根据调查结果作出相应的行政处罚。如果涉嫌犯罪，还会依法移送司法机关追究刑事责任。

因此，如果你遇到了违规操纵股票的情况，可以向中国证监会及其派出机构进行举报，他们会依法进行调查处理。