法院冻结抵押人的银行卡，在特定情况下是合法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 抵押与债务关系：

   • 当你的朋友作为借款人，使用其商铺作为抵押物向银行贷款时，他与银行之间就形成了债权债务关系。
   • 如果借款人未能按时偿还贷款，银行作为债权人，有权依据贷款合同中的约定，采取一系列措施来保障其债权。

2. 法院冻结银行卡的合法性：

   • 在借款人违约后，银行可能会通过法律途径来追讨债务，包括但不限于提起诉讼或申请强制执行。
   • 如果银行提起了诉讼，并且法院作出了有利于银行的判决，银行可以申请法院对借款人的财产进行查封、冻结等保全措施。
   • 在这种情况下，法院冻结抵押人的银行卡是合法的，因为它是基于法院的判决和银行的申请而采取的强制执行措施。

3. 冻结银行卡的条件与程序：

   • 法院在冻结银行卡前，通常会审查银行的申请和相关证据，确保冻结措施的合法性和必要性。
   • 冻结措施一旦实施，抵押人的银行卡将无法使用，直至债务得到清偿或法院作出其他相关裁定。

4. 抵押人的权益保护：

   • 抵押人在面对银行卡被冻结的情况时，有权向法院提出异议，如果认为冻结措施存在错误或不当之处。
   • 法院会依法审查抵押人的异议，并根据实际情况作出相应的裁定。

综上所述，法院冻结抵押人的银行卡，在借款人未能按时偿还贷款且银行通过法律途径追讨债务的情况下，是合法的。这是基于法院的判决和银行的申请而采取的强制执行措施。如果抵押人对此有异议，可以向法院提出并寻求救济。