当农村集体资产被侵占时，应由多个部门协同管理，具体根据侵占的性质和情节严重程度，由不同的部门承担主要职责。以下是详细分析：
自然资源主管部门：
- 若侵占行为涉及土地资源的非法占用或改变土地用途，如私自占用集体土地建房、挖沙取土等，主要由自然资源主管部门负责管理。该部门有权对土地利用进行监督管理，包括确认土地权属、处理土地所有权和使用权争议，以及对违法侵占土地的行为进行查处。
农村集体经济组织/村民委员会：
- 对于村民个人侵占集体资产的行为，如私自侵占集体财产、挪用集体资金等，农村集体经济组织和村民委员会作为集体资产的所有权代表，负有直接管理责任。它们应主动制止侵占行为，并采取法律措施追讨损失。
乡镇人民政府：
- 乡镇人民政府对辖区内集体资产管理负有指导与监督责任。若农村集体经济组织或村民委员会未有效履职，乡镇政府可介入调查并协助解决纠纷。同时，对于涉及治安管理的侵占行为，乡镇政府也会协同公安机关进行处理。
农业农村主管部门：
- 在某些情况下，如侵占行为涉及农业资源的非法利用或破坏农业生产秩序，农业农村主管部门也可能参与管理。该部门负责制定集体资产管理制度，并对重大侵占案件进行督办，以确保政策落实和资产安全。
司法机关：
- 若侵占行为涉嫌犯罪，如盗窃罪、侵占罪或非法占用农用地罪等，公安机关将立案侦查，检察机关提起公诉，法院依法审判并执行财产返还或刑罚。
综上所述，农村集体资产被侵占时，应根据具体情况向相应的部门举报或求助。若涉及土地资源侵占，可向自然资源主管部门反映；若涉及村民个人侵占集体财产，可向农村集体经济组织、村民委员会或乡镇人民政府求助；若涉嫌犯罪，可直接向公安机关报案。在处理过程中，务必准备好相关证据，以维护自身合法权益。