当自然人独资公司的实际经营人与法人（登记的经营者）不一致时，对外承担责任的主体通常是登记的经营者（法人），但实际经营者也可能因其行为而承担责任。以下是对此问题的详细分析：
一. 法人（登记的经营者）的责任
法人的法定责任：根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。这意味着，作为公司的法律代表，法人（登记的经营者）对外承担公司的法律责任。
案例解析：在化州法院审理的一起买卖合同纠纷案件中，尽管交易相对方明知实际经营者身份与企业登记经营者不一致，但法院仍判决登记的经营者（法人）在特定情况下（如非基于公示登记的信赖而进行交易）无需承担责任。然而，这并不意味着法人通常不承担责任，而是强调了责任承担的具体情境。
二. 实际经营者的责任
实际经营者的个人责任：实际经营者虽然并非公司的法人代表，但如果其在经营过程中存在过失或违法行为，给公司或第三方造成损失，也需要承担相应的法律责任。例如，如果实际经营者违反法律法规或公司章程，导致公司债务增加或产生其他法律后果，其个人可能需要承担赔偿责任。
共同诉讼人身份：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五十九条，当营业执照上登记的经营者与实际经营者不一致时，以登记的经营者和实际经营者为共同诉讼人。这表明在发生法律纠纷时，法律将登记的经营者和实际经营者视为共同的责任主体。
三. 责任划分的具体情况
基于行为划分：在实际经营者与法人不一致的情况下，责任的划分主要取决于具体行为和法律规定。如果实际经营者的行为符合公司章程和法律法规，且没有给公司或第三方造成损失，那么其不需要承担法律责任。相反，如果实际经营者的行为违反了公司章程或法律法规，给公司或第三方造成了损失，那么其需要承担相应的法律责任。
内部协议与外部责任的区分：即使登记的经营者和实际经营者之间有内部约定，这些约定也不能对抗外部债权人。外部债权人仍有权要求登记的经营者（法人）和实际经营者共同或单独承担责任。
总结：当自然人独资公司的实际经营人与法人（登记的经营者）不一致时，对外承担责任的主体通常是登记的经营者（法人）。然而，实际经营者也可能因其行为而承担责任。在发生法律纠纷时，法律将登记的经营者和实际经营者视为共同的责任主体。因此，在实际操作中，建议公司明确内部责任划分，并确保外部债权人能够清晰了解公司的实际经营状况和责任承担机制。如有进一步需要，您可以继续咨询我。