当公司有诉讼案件时，通常是不能直接申请注销的。这是因为注销公司需要完成清算工作，清理所有的债权债务，而诉讼案件的存在使得债权债务关系尚未明确，无法准确进行清算。如果公司在有诉讼的情况下匆忙注销，可能会损害债权人的利益，甚至导致相关人员需要承担法律责任。

一般来说，公司需要等待诉讼终结，债权债务关系明确后，才能进行清算并申请注销。但是，这也并非绝对。如果公司能够在注销前妥善解决诉讼纠纷，或者诉讼已经有了最终的审判结果，并且公司已经承担了相应的民事责任，清偿了债务或者提供了可靠的担保措施，那么在这种情况下，公司是可以按照法定程序进行注销的。

具体来说，公司注销需要遵循以下步骤：

1. 成立清算组并制定清算方案，明确清算的财产范围、清算期限、清算程序等，并报相关机构确认。
2. 清算组以清算财产支付公司所欠的各种税费、债务等。
3. 清算结束后，制定清算报告，详细列明清算过程、财产分配情况等，并报股东会、股东大会或人民法院确认。
4. 确认清算报告后，向公司登记机关申请办理注销登记，并注销营业执照。

需要注意的是，在整个注销过程中，工商行政管理部门会对公司的债务以及诉讼等各种情况进行细致的审查。因此，公司在注销前必须确保所有诉讼案件已经得到妥善处理，避免因为注销而引发后续的法律风险。

总的来说，虽然公司存在诉讼案件时注销会相对复杂一些，但只要能够妥善处理诉讼相关事宜，并严格遵循注销的法定程序和要求，就能够有效避免后续可能出现的一系列法律风险。