针对你提出的“主动上交金额不超5千后被查出来有超过5千的违法所得，纪委怎么处理”的问题，我可以从法律角度为你进行如下分析：

首先，我们需要明确的是，纪委主要负责对党员和公职人员违纪违法行为的查处，其处理方式和程序通常遵循党内法规和相关法律法规。在你所描述的情境中，主动上交金额不超过5千，但后被查出有超过5千的违法所得，这涉及到违纪违法行为的认定和处理。

一般来说，纪委在处理此类问题时，会遵循以下步骤：

1. 初步核实：纪委首先会对相关线索进行初步核实，包括查证上交金额与实际违法所得是否一致，以及是否存在其他违纪违法行为。

2. 立案审查：如果初步核实发现存在违纪违法事实，纪委将会立案并进行深入审查。这一过程中，会调查违法所得的来源、性质、去向等，并收集相关证据。

3. 处理决定：根据审查结果，纪委将依法依规作出处理决定。处理决定可能包括给予党纪处分、政务处分，或者移送司法机关处理等。具体来说：

   • 如果违法所得金额较小，且主动上交态度较好，可能会给予较轻的处分，如警告、严重警告等；
   • 如果违法所得金额较大，或者存在其他严重违纪违法行为，可能会给予更重的处分，如撤销党内职务、留党察看、开除党籍等，甚至移送司法机关处理。

4. 执行与监督：处理决定作出后，纪委将监督执行情况，并确保处理决定得到落实。

此外，值得注意的是，主动上交违法所得是一个积极的悔过表现，可能会在处理时得到一定的考虑。但具体处理结果还需根据违纪违法事实的严重程度、个人态度以及相关法律法规来综合判断。

综上所述，纪委在处理你所述情况时，会依法依规进行初步核实、立案审查，并根据审查结果作出相应的处理决定。如果你面临此类问题，建议积极配合纪委的调查工作，并主动说明情况，以期得到从轻或减轻处理。如有需要，你可以随时向我咨询相关的法律问题。