公文系统电子函件可以作为证据使用。

在司法实践中，电子文档作为一种数字化信息载体，当其具备证据的客观性、关联性和合法性特征时，即可成为有效证据。具体来说：

1. 客观性：电子函件所记录的内容是对客观事实的反映，不以人的意志为转移。这意味着函件中的内容必须是真实发生的，而非虚构或篡改的。

2. 关联性：电子函件需要与待证事实存在紧密联系，能够证明案件相关事实。也就是说，函件中的内容必须与案件争议点或待查明的事实有直接关联。

3. 合法性：电子函件的获取、存储等过程需要符合法定程序，才具有证据能力。这要求函件的取得方式必须合法，不能侵犯他人的合法权益，且存储和保管过程也要符合相关规定。

为了确保公文系统电子函件的证明力，还需要注意以下几点：

• 来源的可靠性：要确保电子函件来源的可靠，比如是否来自官方或可信赖的发送者。
• 完整性：电子函件的内容必须完整，未被删改或破坏，以确保其真实反映原始情况。
• 与其他证据的相互印证：电子函件最好能与其他证据相互印证，形成完整的证据链，以增强其证明力。

此外，在提取、固定和鉴定电子函件时，也应遵循严格的法律程序和技术规范，以确保证据的真实性和有效性。

综上所述，公文系统电子函件在满足一定条件下，可以作为证据使用。如果您在相关纠纷中需要用到电子函件作为证据，建议咨询专业律师，以确保您的权益得到充分保障。