非法改装车辆是严重的交通违法行为，根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关实施条例和规定，车主或驾驶人将面临一系列严厉的处罚。以下是对非法改装车辆发动机的具体处罚措施的详细解析：
一、直接处罚措施
责令恢复原状：
- 公安机关交通管理部门将要求车主将非法改装的车辆恢复至改装前的状态，以确保车辆符合原出厂的安全标准和技术参数。
罚款：
- 对于擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征的行为，如更换发动机而未办理变更登记，将处警告或者罚款。具体罚款金额可能因地区而异，但通常会在二百元至二千元之间，部分地区可能执行更具体的罚款标准，如五百元以下罚款。
扣留车辆与收缴非法装置：
- 在非法改装情节严重或影响道路交通安全的情况下，交通管理部门有权扣留非法改装车辆，并收缴非法改装的部件，包括改装的发动机等。
二、因改装引发的其他违法违规行为的处罚
安全性能不达标：
- 若改装导致车辆不符合国家安全技术标准，车辆将无法通过年检。若继续上路行驶，交警部门将扣留机动车，并责令车主限期整改；若整改后仍不合格，车辆将被强制报废。
从事非法营运：
- 若使用非法改装车辆从事道路运输经营活动，交通运输部门将依法取缔，并没收违法所得。同时，将处以违法所得2倍以上10倍以下的罚款；若无违法所得或违法所得不足2万元，将处以3万元以上10万元以下的罚款。构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
三、更严厉的处罚措施
吊销机动车驾驶证：
- 对于严重违法行为，如驾驶非法改装车辆从事道路运输经营活动或改装导致车辆安全技术性能严重下降，驾驶员的驾驶证将被吊销，失去驾驶机动车的资格。
行政拘留：
- 在情节特别严重或造成严重后果的情况下，车主或驾驶人可能面临行政拘留等更严厉的处罚措施。
四、其他影响
- 保险理赔限制：非法改装的车辆在发生交通事故时，保险公司可能拒绝理赔或限制理赔范围，因为改装可能导致车辆风险增加，且未经过保险公司同意的改装不在保险保障范围内。
综上所述，非法改装车辆发动机将面临严重的法律后果和经济损失。因此，车主在进行车辆改装时，必须严格遵守相关法律法规和规定，确保改装行为合法合规。同时，交通管理部门也应加强监管和执法力度，严厉打击非法改装行为，以保障道路交通安全和秩序。