刑事案件中的矛盾纠纷实质性，主要指的是案件中存在的具体争议和冲突，这些争议和冲突是案件的核心内容，也是刑事辩护和审理的重点。

一. 矛盾纠纷的实质性内容

1. 犯罪事实的争议：在刑事案件中，被告人是否实施了被指控的犯罪行为，以及犯罪行为的性质、情节和后果等，往往是案件的主要争议点。例如，对于一起盗窃案，被告人可能否认实施了盗窃行为，或者对盗窃的金额、手段等存在争议。

2. 证据的真实性和合法性争议：证据是刑事案件定罪量刑的依据，因此证据的真实性和合法性常常成为案件的争议焦点。例如，辩护律师可能会质疑控方证据的收集程序是否合法，证据是否经过篡改或伪造等。

3. 法律适用的争议：在刑事案件中，法律适用的准确性也是争议的一个重要方面。例如，对于某一行为是否构成犯罪，或者构成何种犯罪，可能存在不同的法律解释和观点。

二. 实质性矛盾纠纷的处理

1. 通过辩护和审理查明事实：在刑事案件中，辩护律师和检察机关会围绕犯罪事实展开激烈的辩论。通过法庭调查、举证、质证等程序，查明案件事实，为案件的公正处理奠定基础。

2. 严格审查证据：法院会对控辩双方提供的证据进行严格的审查，确保证据的真实性和合法性。对于存在争议的证据，法院会进行进一步的调查核实，以排除非法证据和虚假证据。

3. 准确适用法律：在处理刑事案件时，法院会根据查明的事实和证据，准确适用法律，确保案件的公正裁判。对于存在法律适用争议的案件，法院会参考相关法律法规、司法解释以及类似案例，进行综合判断。

综上所述，刑事案件中的矛盾纠纷实质性是案件的核心内容，也是刑事辩护和审理的重点。通过辩护和审理查明事实、严格审查证据以及准确适用法律，可以确保案件的公正处理，维护当事人的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。