如果社会团体在申请设立分支机构时弄虚作假，一经查实，将会导致以下后果：

由登记管理机关予以撤销登记。根据《社会团体登记管理条例》的相关规定，社会团体在申请登记时弄虚作假，骗取登记的，或者自取得《社会团体法人登记证书》之日起1年未开展活动的，登记管理机关将对其予以撤销登记。这是对社会团体弄虚作假行为的直接法律后果。

具体来说，撤销登记的过程可能会涉及以下几个环节：

1. 立案责任：登记管理机关在发现社会团体存在弄虚作假等违法行为后，会进行审查，并决定是否立案。
2. 调查责任：对立案的案件，登记管理机关会指定专人负责，及时组织调查取证，确保调查过程的公正性和合法性。
3. 审查责任：审查案件程序调查报告，对案件违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等方面进行全面审查，并提出处理意见。
4. 告知责任：在作出行政处罚决定前，登记管理机关会制作《行政处罚事先告知书》送达当事人，告知其违法事实及享有的陈述、申辩等权利。
5. 决策与执行责任：经过集体讨论后，登记管理机关会作出具体处罚内容的决策，并制作行政处罚决定书。随后，按照法律规定的方式将行政处罚决定书送达当事人，并执行相应的处罚项目，如撤销登记等。

综上所述，社会团体在申请设立分支机构时如果弄虚作假，将会面临严重的法律后果，即被撤销登记。因此，建议社会团体在申请过程中务必遵守相关法律法规，确保申请材料的真实性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。