耕地占用税应由占用耕地建房或者从事其他非农业建设的单位和个人缴纳，而不仅仅是施工单位。具体分析如下：

一. 缴纳主体的确定

1. 根据法律法规：《中华人民共和国耕地占用税法》第二条规定：“在中华人民共和国境内占用耕地建设建筑物、构筑物或者从事其他非农业建设的单位和个人，为耕地占用税的纳税人，应当依照本法规定缴纳耕地占用税。”由此可见，耕地占用税的缴纳主体是占用耕地进行非农业建设的单位和个人，这包括但不限于施工单位。
2. 实例说明：假设某房地产开发商计划在一片耕地上建设住宅小区，那么该房地产开发商作为占用耕地进行非农业建设的单位，就需要依法缴纳耕地占用税。同样，如果个人在耕地上私自建房，也需要缴纳相应的税款。

二. 施工单位的特殊情况

1. 施工单位作为缴纳主体：在大多数情况下，施工单位是实际进行耕地占用并开展非农业建设的主体，因此它们需要缴纳耕地占用税。但这并不意味着只有施工单位才需要缴纳此税。
2. 其他可能的缴纳主体：除了施工单位外，任何占用耕地进行非农业建设的单位和个人，如房地产开发商、个人建房者等，都是耕地占用税的缴纳主体。

三. 总结与建议

• 总结：耕地占用税的缴纳主体是占用耕地进行非农业建设的单位和个人，这包括但不限于施工单位。因此，不能简单地将缴纳责任归咎于施工单位。
• 建议：对于具体的耕地占用税缴纳问题，建议相关单位和个人咨询当地税务部门或专业税务机构，以确保准确理解和履行税法义务。如有进一步需要，您可以继续咨询我。