有限公司自然人独资企业有公司章程。具体分析如下：

一. 自然人独资的有限公司即一人有限责任公司，依法需要制定公司章程

• 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。无论是多人股东还是单一自然人股东，有限公司在设立时都必须有公司章程。变更公司章程的，还应当依法进行变更登记。

二. 法律依据明确规定了自然人独资有限公司需要制定公司章程

• 《中华人民共和国公司法》第五十七条规定：“一人有限责任公司的设立和组织机构，适用本节规定；本节没有规定的，适用本章第一节、第二节的规定。”该法条明确了一人有限责任公司（即自然人独资的有限公司）的设立需要遵循公司法的相关规定，而制定公司章程是设立公司的必要条件之一。

综上所述，有限公司自然人独资企业是有公司章程的，这是依法设立公司的基本要求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。