二次醉驾法院不起诉，不会留下案底。具体分析如下：

一. 不起诉意味着没有犯罪记录

• 根据我国法律，案底通常指的是犯罪记录，即个人因犯罪被法院判决有罪后留下的记录。
• 若二次醉驾后，法院决定不起诉，那么意味着该行为并未被法院认定为犯罪，因此不会留下犯罪记录，也即不会留下案底。

二. 醉驾的法律后果

• 醉驾是严重的交通违法行为，即使法院不起诉，也可能面临其他法律后果，如行政处罚，包括吊销驾驶证、罚款等。
• 二次醉驾更是加重了违法情节，可能会受到更严厉的行政处罚。

三. 对个人的影响

• 虽然不起诉不会留下案底，但醉驾行为仍可能被记录在个人的交通违法记录中，对个人的驾驶信誉产生负面影响。
• 在未来的某些情况下，如申请驾驶证、工作等，可能需要提供无醉驾记录证明，此时二次醉驾的记录可能会对个人产生不利影响。

我建议：虽然二次醉驾法院不起诉不会留下案底，但醉驾行为本身仍具有严重的法律后果和社会影响。因此，应严格遵守交通法规，杜绝醉驾行为，确保自己和他人的安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。