针对“经营者拒不配合案件调查怎么办”这一问题，首先我要明确的是，配合市场监管部门的调查是市场主体的法定义务，任何企业或个人都不得拒绝或阻碍。如果经营者拒不配合案件调查，将会面临一系列的法律后果。

1. 市场监管部门的处罚：

   • 根据相关法律法规，如《网络交易监督管理办法》、《反不正当竞争法》等，市场监管部门有权对拒不配合调查的经营者进行行政处罚。处罚措施可能包括罚款、责令停产停业等。例如，广州市白云区市场监管局就对一家拒不配合检查的网络经营公司作出了罚款12600元的处罚决定。

2. 可能的法律后果：

   • 除了市场监管部门的处罚外，如果经营者的行为构成妨害公务或拒绝、阻碍国家机关工作人员依法执行职务，还可能受到《中华人民共和国治安管理处罚法》的制裁，包括警告、罚款、拘留等。
   • 在某些严重情况下，如果经营者的行为触犯了刑法，还可能面临刑事责任的追究。

3. 建议与措施：

   • 对于市场监管部门来说，应依法依规进行调查，确保调查程序的合法性和正当性。在调查过程中，应充分告知经营者其权利和义务，并给予其合理的配合时间。
   • 如果经营者拒不配合调查，市场监管部门可以依法采取很多强制措施，如冻结银行账户、查封财产等，以迫使经营者履行配合调查的义务。
   • 同时，市场监管部门也可以加强普法宣传，提高经营者的法律意识和配合调查的自觉性。

4. 对经营者的提醒：

   • 作为经营者，应当充分认识到配合市场监管部门调查的重要性。如果收到调查通知，应积极响应并按时提供所需资料和信息。
   • 如果对调查通知有异议或不明白之处，应及时与市场监管部门沟通并寻求法律帮助。
   • 切勿因一时冲动或无知而拒绝配合调查，以免给自己带来不必要的法律风险和损失。

综上所述，经营者拒不配合案件调查是违法的，并将面临严重的法律后果。因此，建议经营者务必积极配合市场监管部门的调查工作，以确保自身的合法权益和市场的公平竞争秩序。