在工程款纠纷中，作为被告，应当准备以下材料以应对诉讼：

1. 被告主体资格证明：

   • 如果是法人或其他组织，需要提供营业执照副本、组织机构代码证（若已三证合一，则无需单独提供）等证明文件，以及法定代表人或主要负责人的身份证明书及身份证复印件。
   • 如果是自然人，需要提供身份证复印件。

2. 工程合同及相关文件：

   • 提供与原告签订的施工合同、补充协议等，以证明双方之间的工程承包关系及合同约定的具体内容。
   • 如果有工程量确认单、工程验收报告、结算单或决算书等，也应一并提供，这些文件能够证明工程的实际完成量、验收情况及工程款结算情况。

3. 付款凭证：

   • 提供已向原告支付工程款的凭证，如银行转账记录、收据等，以证明已履行的付款义务及付款金额。

4. 工程质量及工期相关证据（如适用）：

   • 如果工程质量或工期成为争议焦点，应提供相关的证据材料，如工程质量检测报告、工期延误责任认定等，以支持自己的主张。

5. 其他证据材料：

   • 根据案件具体情况，可能还需要提供其他相关的证据材料，如催款通知及回复、双方沟通记录等，以证明自己的诉讼主张或反驳原告的诉讼请求。

6. 授权委托书及代理人身份证明（如委托他人代理诉讼）：

   • 如果委托律师或其他代理人代为诉讼，需要提供授权委托书及代理人的身份证明文件，明确代理权限和期限。

作为被告，在准备这些材料时，应确保材料的真实性、完整性和合法性。同时，也建议咨询专业律师，以便更好地理解和应对诉讼程序及可能涉及的法律问题。在诉讼过程中，积极举证、质证，并充分阐述自己的诉讼主张和理由，以维护自身的合法权益。