关于“投标文件电子签章未在指定位置签章是否有效”的问题，这确实是一个在招投标过程中可能遇到的实际问题，其答案并非绝对，而是需要根据具体情况来判断。

1. 一般情况下：投标文件的有效性在招投标过程中至关重要，其完整性和真实性直接影响着项目的顺利实施和公平竞争。签字盖章是投标文件真实性和完整性的重要体现，也是投标人确认投标内容并承担相应法律责任的标志。如果投标文件的关键部分（如报价、承诺等）未按照规定在指定位置签字盖章，那么该投标文件很可能被认定为无效，投标人也将因此失去中标资格。

2. 特殊情况下：然而，在实践中，情况可能更为复杂。例如，部分未签字盖章是由于技术性错误或疏忽造成的，并非投标人故意为之；又或者有些文件虽然未按规定签字盖章，但其内容已经明确表达了投标人的意愿，且未损害其他投标人的合法权益。在这种情况下，如果单纯以签字盖章的缺失来判定投标文件的无效性，可能显得过于机械化甚至有失公平。因此，对于这类特殊情况，可能需要结合具体的事实和证据，以及招投标文件的其他条款和规定，来进行综合判断。

综上所述，投标文件电子签章未在指定位置签章是否有效，并不能一概而论。在大多数情况下，如果关键部分未签字盖章，投标文件可能被视为无效。但在某些特殊情况下，也需要结合具体的事实和证据来进行综合判断。如果你在实际操作中遇到了类似的问题，建议尽快咨询专业的法律顾问或律师，以便获得更具体、更准确的法律意见。