公立医院申请破产，政府不同意的情况下，医院需继续运营或寻求其他解决方案，因为公立医院破产并非仅由医院或政府单方面决定，而是需依据相关法律法规和实际情况进行综合考量。

一. 公立医院破产的复杂性

1. 法律层面的考量：公立医院作为事业单位，其破产并非简单的企业破产程序。根据相关法律法规，公立医院的破产需考虑到其公益性质、国有资产处置、员工安置等多方面因素，因此并非医院或政府单方面可以决定。
2. 政府角色的重要性：政府在公立医院的管理和运营中扮演着重要角色，包括资金扶持、政策引导等。当公立医院面临破产风险时，政府往往会从维护社会稳定、保障公众健康等角度出发，进行综合考虑和决策。

二. 政府不同意破产的可能原因

1. 维护公共利益：公立医院承担着为公众提供基本医疗服务的职责，其破产可能导致医疗服务中断，影响公众健康。政府出于维护公共利益的考虑，可能不同意医院破产。
2. 国有资产处置问题：公立医院作为国有资产的重要组成部分，其破产涉及国有资产的处置和分配。政府需要确保国有资产的保值增值，避免国有资产流失，因此可能对破产申请持谨慎态度。

三. 解决方案与建议

1. 寻求政府支持：医院可积极与政府沟通，阐述破产的困境和原因，争取政府的资金扶持和政策支持，以缓解财务压力，改善运营状况。
2. 加强内部管理：医院应加强内部管理，优化资源配置，提高运营效率，降低成本支出，以增强自身的抗风险能力。
3. 探索转型之路：面对医疗市场的竞争和变革，医院可积极探索转型之路，如发展特色专科、开展医养结合服务等，以适应市场需求，拓展发展空间。

我建议，在公立医院申请破产而政府不同意的情况下，医院应积极与政府沟通协商，寻求政府的理解和支持；同时加强内部管理，提高运营效率；并积极探索转型之路，以应对当前的困境。如有进一步需要，您可以继续咨询我。