约定合作双方资金的部门通常称为“财务部”或“财务管理部门”。这个部门主要负责管理公司的财务活动，包括资金的筹集、运用和分配。在合作中，财务部会参与制定合作协议中关于资金使用的条款，确保资金的安全和合规使用。同时，财务部也会负责监督合作双方的资金流向，确保资金按照协议约定进行使用。

一. 财务部或财务管理部门的主要职责

1. 资金管理：负责公司的资金筹集、调度和运作，确保资金的充足和有效利用。
2. 财务规划：制定公司的财务计划，包括预算、投资、融资等，为公司的长期发展提供财务支持。
3. 财务控制：建立健全的内部控制制度，确保公司财务活动的合规性和安全性。
4. 财务分析：对公司的财务状况进行定期分析，为公司的决策提供依据。

二. 在合作中的作用

1. 制定资金条款：在合作协议中明确双方的资金投入、使用方式和回报分配等条款。
2. 监督资金流向：确保合作双方的资金按照协议约定进行使用，防止资金被挪用或滥用。
3. 提供财务支持：为合作的顺利进行提供必要的财务支持和保障。

综上所述，约定合作双方资金的部门通常称为“财务部”或“财务管理部门”。这个部门在合作中发挥着至关重要的作用，负责资金的管理、规划、控制和监督等方面的工作。如有进一步需要，您可以继续咨询我。