结论前置：在劳动合同约定综合工时制但实际按照标准工时执行的情况下，若按季度超出的工时，劳动者是有权主张加班费的。

分析说明：

1. 综合工时制与标准工时制的区别：

   • 综合工时制是一种特殊的工作时间安排方式，它采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的方法，适用于因工作性质特殊或受季节及自然条件限制而需在一段时间内连续作业的情况。
   • 标准工时制则是国家实行的劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。

2. 实际执行与合同约定不一致的处理：

   • 当劳动合同约定的是综合工时制，但实际执行的是标准工时制时，若劳动者在按季度计算的工作时间内超出了法定标准工作时间，那么这部分超出时间应视为加班时间。
   • 根据劳动法的相关规定，用人单位对于加班时间应支付加班费，以补偿劳动者因加班而额外付出的劳动。

3. 加班费的计算与支付：

   • 对于超出法定标准工作时间的部分，用人单位应按照不低于劳动者本人小时工资的150%支付加班工资。
   • 如果劳动者在法定节假日工作，无论其是否在综合计算周期内，用人单位都应按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。

4. 特殊情况的处理：

   • 如果用人单位能够证明劳动者对实际执行的标准工时制是知情的，并且劳动者长期未提出异议且实际接受了这种安排，那么可能会认定为“实际履行变更”，从而影响加班费的支付。但这种情况下的认定通常较为严格，需要用人单位提供充分的证据。

总结： 综上所述，在劳动合同约定综合工时制但实际按照标准工时执行的情况下，若劳动者按季度超出的工时，是有权主张加班费的。用人单位应严格按照劳动法的规定支付加班费，以保障劳动者的合法权益。如果劳动者在这方面遇到问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。