依法查处违法分包、转包、挂靠行为时，发现问题应采取的措施主要包括制定整改方案、下达整改通知、监督整改实施、以及进行处罚等。以下是详细分析：

一. 制定整改方案

• 在发现违法分包、转包、挂靠行为后，首先应根据具体情况制定详细的整改方案。方案应明确整改的目标、措施、时限以及责任人。

二. 下达整改通知

• 1. 书面通知：向违法单位或个人下达书面的整改通知书，明确指出其违法行为，并要求其按照整改方案进行整改。
• 2. 通知内容：整改通知书应包含整改的具体要求、整改期限、以及不整改可能面临的法律后果。

三. 监督整改实施

• 在整改期限内，相关部门应加强对违法单位或个人的监督，确保其按照整改方案进行整改。可以通过定期检查、现场监督等方式进行。

四. 进行处罚

• 1. 处罚依据：根据《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国合同法》等相关法律法规，对违法分包、转包、挂靠行为进行处罚。
• 2. 处罚措施：处罚措施可能包括罚款、吊销资质证书、停业整顿等。具体处罚措施应根据违法行为的严重程度和具体情况来决定。

五. 其他措施

• 除了上述措施外，还可以采取公开曝光、记入信用记录等方式，对违法单位或个人进行惩戒，以儆效尤。

我建议，在依法查处违法分包、转包、挂靠行为时，应严格按照法律法规进行，确保执法的公正性和合法性。同时，也应加强监管力度，防止类似违法行为的再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。