农商银行逾期不会直接从支付宝扣钱。以下是对此问题的详细分析：

一. 银行与支付宝的独立性

1. 独立的支付系统：农商银行和支付宝是两个不同的支付系统，它们之间并没有直接的扣款权限。银行不能未经授权就直接从支付宝账户中扣钱，这涉及到用户的资金安全和隐私保护。
2. 合同约束：用户与银行、支付宝之间分别存在合同关系。银行只能依据与用户签订的贷款合同来追讨逾期款项，而不能直接扣划用户在支付宝等第三方平台上的资金。

二. 逾期还款的正确方式

1. 主动还款：用户应按照贷款合同约定的还款方式和期限，主动向农商银行还款。
2. 协商处理：如果确实无法按时还款，用户应及时与银行沟通，寻求延期还款、分期还款等解决方案。

三. 法律保障

1. 资金安全：根据相关法律法规，用户的资金安全受到严格保护。银行或任何第三方机构都不能擅自扣划用户的资金。
2. 合法权益：如果用户认为自己的合法权益受到侵害，可以通过法律途径维护自己的权益，包括向银行监管部门投诉、向法院提起诉讼等。

我建议，如果您面临农商银行逾期的问题，应主动与银行沟通，寻求合适的解决方案，而不是担心银行会从支付宝等第三方平台上直接扣钱。同时，也要注意保护自己的资金安全和合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。