合同明确违约金三倍是否合法，需结合具体情况来判断。以下是详细的分析：
法律依据与合理性要求：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，当事人可以约定违约金，但违约金的数额应当合理，不应过分高于或低于违约所造成的实际损失。
- 违约金的设定旨在维护交易的公平性和诚信原则，因此其数额应当与实际损失相符。
具体判断标准：
- 一般民事合同：
- 如果双方真实、自愿地约定了三倍违约金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，也未显失公平，那么这种约定在法律上通常是有效的。
- 但如果违约方认为约定的违约金过分高于造成的损失，可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
- 特殊合同（如金融借款合同）：
- 在某些特殊合同领域，如金融借款合同，违约金的约定可能会受到更严格的限制。
- 例如，在民间借贷中，虽然可以约定违约金，但最终的利率（包含违约金等所有费用）不能超过司法保护上限。
实际操作建议：
- 合同约定：在签订合同时，双方应充分协商并明确约定违约金的数额或计算方法，确保约定内容真实、合法、有效。
- 争议解决：若因违约金问题发生争议，违约方有权请求法院或仲裁机构进行适当调整，并应提供充分的证据来证明约定的违约金过高或过低。
- 法律风险防范：建议在签订合同时咨询专业律师，对合同条款进行审查和把关，以避免因违约金问题引发的法律风险。
综上所述，合同明确违约金三倍是否合法，取决于具体合同内容、实际损失情况以及法律的相关规定。如果约定的违约金过高或过低，当事人都有权请求法院或仲裁机构进行适当调整。因此，在签订合同时，双方应谨慎约定违约金的数额或计算方法，并在发生争议时及时寻求法律途径解决。