政府部门一般不能出具两家企业没有关联的证明。下面我从几个方面来详细解释这个问题：

1. 政府部门的职责与权限：

   • 政府部门主要负责行政管理、公共服务等职能，它们通常不会介入企业之间的具体经营事务，也不会对企业之间的关联关系进行直接认定或出具证明。
   • 企业之间的关联关系是一个复杂的市场行为，涉及股权结构、业务往来、财务关系等多个方面，需要专业的分析和判断。

2. 企业关联关系的认定：

   • 企业关联关系的认定通常依据相关法律法规、会计准则以及税务规定等，由企业自行申报或相关机构进行审查。
   • 在某些特定情况下，如税务稽查、反垄断调查等，相关政府部门或机构可能会对企业之间的关联关系进行调查和认定，但这并不属于政府部门的常规服务范围。

3. 如何证明企业之间无关联：

   • 如果企业需要证明与另一家企业无关联，可以通过提供股权结构图、业务往来记录、财务报表等证据来支持其主张。
   • 这些证据应由企业自行准备，并可能需要经过审计或公证等程序来增强其法律效力。

4. 建议与咨询：

   • 如果企业在处理关联关系问题上遇到困难或需要法律支持，建议咨询专业的律师或会计师，他们可以根据企业的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。
   • 同时，企业也应加强自身的合规管理，确保在业务往来中遵守相关法律法规和会计准则，避免不必要的法律风险和纠纷。

综上所述，政府部门一般不能出具两家企业没有关联的证明，企业需要通过其他途径来证明其与其他企业之间的无关联关系。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。