合同性质认定错误时，仲裁协议的有效性需根据具体情况判断。
法律分析
《中华人民共和国仲裁法》第十九条明确规定：“仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。仲裁庭有权确认合同的效力。”这一规定为我们提供了分析的基础。
仲裁协议的独立性：
- 仲裁协议是独立于合同实体内容的，它关于纠纷解决方式的约定，不直接受合同性质认定错误的影响。
合同性质认定错误对仲裁协议的影响：
- 如果合同性质认定错误导致合同整体无效，但仲裁条款本身独立、合法，且双方有真实的仲裁意愿，那么仲裁协议仍然有效。
- 如果合同性质认定错误与仲裁条款紧密相关，导致仲裁条款也无效，或者双方明确表示不愿再通过仲裁方式解决争议，那么仲裁协议无效。
双方真实意愿的重要性：
- 无论合同性质如何认定，仲裁协议的有效性都取决于双方是否有通过仲裁解决争议的真实意愿。
举例说明
- 假设甲乙双方签订了一份被认为是合作性质的合同，但实际上该合同更接近于买卖性质，且合同中包含了仲裁条款。后来，合同性质被法院认定错误。在此情况下，如果仲裁条款本身独立、合法，且甲乙双方仍有通过仲裁解决争议的意愿，那么仲裁协议仍然有效。
- 另一方面，如果合同性质的认定错误与仲裁条款的合法性直接相关，比如仲裁条款中约定的仲裁事项超出了法律规定的仲裁范围，或者双方明确表示不愿再通过仲裁方式解决因合同性质认定错误而产生的争议，那么仲裁协议则无效。
结论与建议
在合同性质认定错误的情况下，仲裁协议的有效性并非一概而论。需要综合考虑仲裁协议的独立性、合法性以及双方的真实意愿。如果你面临这样的情况，建议直接向我咨询，我将根据你的具体情况进行详细分析，并给出针对性的法律意见。