农村宅基地有集体土地使用证是合法的。现在，随着不动产统一登记制度的实施，农村宅基地和其上房屋通常统一颁发不动产权证书，该证书整合了集体土地使用证和房屋所有权证的功能。

详细分析如下：

1. 历史与现状：

   • 过去，农村宅基地会分别办理集体土地使用证和房屋所有权证。集体土地使用证是确认宅基地使用者合法使用权的凭证。
   • 现在，统一颁发不动产权证书，不再单独颁发土地使用证和房产证，以简化手续，提高登记效率。

2. 办理流程与要求：

   • 宅基地使用人需向当地不动产登记机构提出登记申请，并提交相关材料，包括身份证明、宅基地使用权来源材料等。
   • 登记机构会对申请事项进行实地查看和审核，核实宅基地的权属、面积等信息。
   • 公告无异议后，登记机构将颁发不动产权证书。

3. 合法性确认：

   • 合法的宅基地通常会有合法的集体土地使用证或不动产权证书作为依据。
   • 但仅有证书不能完全确定宅基地的合法性，还需审查取得过程是否符合相关规定，如是否经过合法审批、是否超面积占用等。

4. 注意事项：

   • 具体的办理流程和要求可能因地方政策而异，建议咨询当地国土资源部门或不动产登记机构了解具体政策。
   • 办理过程中应确保提交的材料真实、完整、有效。

综上所述，农村宅基地拥有集体土地使用证（或不动产权证书）是合法的，但也需要确保取得过程符合相关规定。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。