关于合同扣违约金是否需要开发票的问题，这主要取决于违约金是否与增值税应税行为相关。以下是对此问题的详细解答：
一、合同履行前的违约
- 情况说明：在合同尚未开始履行时，若一方违约并支付违约金，由于此时并未发生实际的经营行为或提供服务，因此这种违约金不属于增值税应税范围。
- 发票开具：根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则的相关规定，此情况下收取违约金的一方无需开具发票，但可以出具收据，详细列明违约金的金额、支付方和收款方等信息，作为收付款的凭证。
二、合同履行过程中的违约
与增值税应税行为相关的违约金
- 情况说明：当违约金是在销售货物、提供应税劳务、销售服务、无形资产或者不动产过程中，因购买方或销售方违约而收取的，且该违约金属于因未履行合同义务而产生的损失赔偿，与增值税应税行为直接相关时，这种违约金应被视为价外费用。
- 发票开具：根据增值税相关规定，价外费用应并入销售额计算缴纳增值税，并需要开具发票。发票内容应按照销售货物或应税劳务、服务等具体情况填写，并在备注栏注明“违约金”字样。
与增值税应税行为无关的违约金
- 情况说明：如果违约金并非因为增值税应税行为而产生的损失赔偿，例如因延迟交货、提前解约等非应税行为支付的违约金，那么这种违约金就不属于增值税应税范围。
- 发票开具：无需开具发票。此时，收取违约金的一方可以出具收据或其他合法凭证作为收付款的依据。
三、法律依据与实际操作建议
法律依据：
- 《民法典》第五百八十五条规定了违约金的约定和调整。
- 《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则规定了发票的开具和取得要求。
实际操作建议：
- 为避免后续产生纠纷，合同双方应在签订合同时明确约定违约金的性质、金额以及是否需要开具发票等事项。
- 对于需要开具发票的情形，应依法及时开具并缴纳相应税款。
- 对于无需开具发票的情形，应出具合法的收据或其他凭证作为收付款的依据。
综上所述，合同扣违约金是否需要开发票，取决于违约金是否与增值税应税行为相关。若与应税行为相关，则需开具发票；若无关，则无需开具，可出具收据作为凭证。