公司没有按时给员工发工资，但给员工申报了个税，这种行为是不合法的。

首先，根据《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，《工资支付暂行规定》第七条也进一步细化，工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付，如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。这些规定都明确了用人单位必须按时足额支付工资的义务。

其次，报税是公司按照税法规定对员工的工资收入进行税务申报的行为，这只是履行了税务义务，而并不能代替或免除其及时支付工资的责任。即使公司完成了报税，也不能说明其已经履行了支付工资的义务。

因此，公司没有按时给员工发工资，即使给员工申报了个税，也是违法的。这种行为直接损害了劳动者的合法权益，影响了劳动者的生活质量和家庭稳定。劳动者有权向公司提出支付工资的要求，若协商不成，可向当地的劳动监察部门进行投诉举报，要求公司支付拖欠的工资，并可能获得赔偿金。同时，公司若违反相关规定，还可能承担行政责任，包括被罚款、警告等法律处罚。

综上所述，公司应严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障，按时足额支付工资，避免不必要的法律风险和经济损失。而劳动者在遇到公司拖欠工资的情况时，也应积极维护自己的合法权益，通过合法途径进行维权。