财务科长在出纳那打的借条还不上，出纳不会被判刑。因为借款纠纷属于民事纠纷，不会涉及到刑事处罚。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律性质：

   • 借条是借款人（财务科长）向出借人（出纳）出具的借款凭证，它证明了双方之间的借贷关系。
   • 若财务科长未能按照借条上约定的期限归还借款，这构成违约，但属于民事纠纷范畴。

2. 法律后果：

   • 出纳作为出借人，有权要求财务科长按照约定归还借款，并支付逾期利息（如有约定）。
   • 若财务科长拒不还款，出纳可以通过民事诉讼途径追讨借款，包括向法院提起诉讼、申请强制执行等。
   • 在民事诉讼中，法院会根据证据和法律规定，判决财务科长归还借款并承担相应的违约责任。

3. 刑事责任：

   • 出纳作为出借人，不会因为财务科长未归还借款而承担刑事责任。
   • 刑事责任通常与犯罪行为相关联，如诈骗、盗窃等，而借款纠纷属于民事纠纷，不涉及刑事责任。

综上所述，财务科长在出纳那打的借条还不上，出纳不会被判刑。出纳应通过民事诉讼途径来维护自己的合法权益，要求财务科长归还借款并承担违约责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。