公司合并协议的主要条款通常包括以下几个方面：

1. 合并各方当事人：

   • 明确合同主体，即订立合并合同、参加公司合并的各方公司，包括合并后存续的公司或新设的公司。
   • 合同中需写明这些公司的名称、住所及法定代表人等基本信息。

2. 合并的方式：

   • 合同中应明确合并的方式，是按法律形态进行的分类，即吸收合并或新设合并。
   • 吸收合并指一个公司吸收其他公司，被吸收公司注销法人资格；新设合并指两个或两个以上公司合并设立一个新公司，原合并各方均注销法人资格。

3. 合并的对价：

   • 合并对价即合并中存续公司或新设公司为取得消失公司财产而支付的对价。
   • 对价的基本形式有股票和现金两种，合同中需明确对价的具体形式及支付方式。

4. 合并各方的资产、债权债务状况：

   • 合同中应详细列明合并各方的资产、债权债务状况，这是决定合并价格的基本要素。
   • 对合并价格的科学确定，对合并是否成功具有重要意义。

5. 职工安置办法：

   • 合同中应包含因合并而消失的公司职工的安置办法，确保职工权益得到妥善保障。
   • 安置办法可能包括劳动合同继续履行、工龄连续计算、经济补偿等条款。

6. 合并程序与安排：

   • 合同中应明确合并的具体程序，如签署协议、编制资产负债表及财产清单、通知债权人并公告、办理变更/注销/设立登记等。
   • 同时，应约定合并过程中的时间安排、责任分配等细节。

7. 违约责任：

   • 合同中应约定违约责任条款，明确任一方未按期履行义务时应承担的违约责任。
   • 违约责任可能包括支付违约金、赔偿损失等。

8. 争议解决：

   • 合同中应约定争议解决方式，如提交仲裁委员会仲裁或向法院起诉等。
   • 争议解决条款有助于在合并过程中发生争议时，快速、有效地解决纠纷。

综上所述，公司合并协议的主要条款应全面、详细地涵盖合并的各个方面，确保合并过程的合法性、有效性和债权债务的妥善承继，同时充分保护股东和债权人的合法权益。如果您在起草或审核公司合并协议时遇到任何问题，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议和服务。