电动车违法扣汽车驾驶证的合法性主要取决于电动车的类型。对于被认定为非机动车的电动自行车，其违法行为通常不会影响机动车驾驶证；而对于被认定为机动车的电动轻便摩托车和电动摩托车，若存在违法行为，则可能会影响机动车驾驶证。以下是详细分析：

一. 电动车类型与驾驶证扣分的关系

1. 非机动车（如电动自行车）：

   • 这类电动车不需要驾驶证即可驾驶，其违法行为会依据《中华人民共和国道路交通安全法》中关于非机动车通行的规定进行处罚，如罚款、警告等，不会对机动车驾驶证产生影响。

2. 机动车（如电动轻便摩托车、电动摩托车）：

   • 这两类电动车需要持有相应的摩托车驾驶证才能合法驾驶。
   • 若驾驶者存在违法行为（如酒驾、准驾不符等），会按照机动车违法的相关规定进行处理，可能会扣除汽车驾驶证的分数，甚至面临更严重的处罚。

二. 法律依据与合法性分析

• 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，电动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规的，会受到相应的处罚。
• 对于机动车类型的电动车，其违法行为会记录在机动车驾驶证上，影响驾驶证的积分和状态。
• 因此，如果驾驶的是机动车类型的电动车，且存在违法行为，那么扣除汽车驾驶证的分数是合法的。

三. 建议与注意事项

1. 了解车辆属性：在驾驶电动车之前，务必了解所驾驶车辆的属性和是否需要驾驶证。
2. 遵守交通规则：无论驾驶何种类型的车辆，都应严格遵守交通规则，确保行车安全。
3. 及时处理违章：如果骑电动车被扣或收到违章通知，应及时处理相关事宜，避免产生更严重的后果。

综上所述，电动车违法扣汽车驾驶证的合法性取决于电动车的类型。对于机动车类型的电动车，其违法行为扣除汽车驾驶证的分数是合法的。因此，在驾驶电动车时，应明确车辆类型，并严格遵守相关法律法规，以避免不必要的法律后果。如有进一步需要，您可以继续咨询我。