公司上班迟到扣工资在特定条件下是合法的。具体来说：

1. 合法情况：

   • 规章制度明确且合法有效：公司需通过民主程序制定包含迟到扣工资内容的规章制度，并确保内容合法合理，且已向员工进行公示或告知。
   • 扣款额度合理：扣罚的金额不能过高，不能使员工的工资低于当地最低工资标准。根据《工资支付暂行规定》，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 符合劳动合同约定：如果在劳动合同中明确约定了迟到扣工资的相关条款，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照合同约定对迟到员工扣工资是合法的。
   • 无特殊情况：员工迟到并非因不可抗力等合理原因，而是无故迟到，公司在合理范围内扣工资是可以的。

2. 不合法情况：

   • 缺乏制度依据或未经法定程序制定：公司没有制定相关的规章制度，或者规章制度的制定没有经过民主程序，直接对迟到员工扣工资就缺乏合法依据。
   • 扣款额度不合理：扣罚的金额过高，明显超出了合理范围，甚至导致员工的工资低于当地最低工资标准，这种扣工资行为是不合法的。
   • 存在特殊情况：若员工因不可抗力等合理原因导致迟到，如自然灾害、突发疾病等，公司仍扣工资则不合理且不合法。

因此，公司上班迟到扣工资是否合法，需根据公司的规章制度、劳动合同约定以及具体情况来综合判断。如果你认为公司的扣款行为不合法或不合理，可以先与公司进行沟通协商，要求其说明扣款依据。若协商不成，你可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。