建筑工程农民工保证金的比例是根据工程合同价款来确定的，具体比例如下：

1. 工程合同价款在100万元以下：保证金预存比例为工程合同价款的5%。
2. 工程合同价款在100万元以上至200万元：保证金预存比例为工程合同价款的4%。
3. 工程合同价款在200万元至500万元：保证金预存比例为工程合同价款的3%。
4. 工程合同价款在500万元以上：保证金预存比例为工程合同价款的2%。

此外，对于上年未完工的在建工程，建筑施工企业需按剩余施工量和相应比例补存工资保证金。对于包工不包料的工程，则按工程合同价款的8%预存保证金。

值得注意的是，不同地区可能会根据当地实际情况对保证金比例进行微调。例如，一些经济不太发达的地区可能会将比例设定为较低的2%，而经济比较发达的地区则可能设定为较高的比例。因此，在具体执行时，还需参照当地的相关规定以及工程所在地的政策要求。

总的来说，建筑工程农民工保证金的比例是根据工程合同价款来确定的，并且受到地区政策的影响。这一制度的主要目的是为了保障农民工的工资权益，防止施工单位出现拖欠工资的情况。如果发生拖欠工资的情况，相关部门可以启动农民工工资保证金来支付农民工的工资。