关于运输货物损坏后的赔偿问题以及是否可以开票、是否合法，以下是我的详细解答：

核心结论：

1. 赔偿责任的承担：运输货物损坏，通常应由承运人（如运输公司）承担赔偿责任，除非能证明损坏是由于不可抗力、托运人的过错或其他免责事由造成的。
2. 赔偿款开票问题：单纯的赔偿款不属于增值税应税行为，因此不需要开具发票。货物供应商收取赔偿款后，开具赔偿款收据给物流公司即可。
3. 合法性：赔偿款的支付和收据的开具都是合法的，不涉及违法问题。

详细分析：

1. 赔偿责任的承担：

   • 根据相关法律法规，承运人在运输过程中有义务确保货物的安全，如因承运人的过失导致货物损坏，承运人应承担赔偿责任。
   • 托运人在托运货物时也有义务提供准确的货物信息和包装要求，如因托运人的过错导致货物损坏，托运人可能需要承担部分或全部责任。
   • 在某些情况下，如自然灾害等不可抗力因素导致的货物损坏，承运人可能免责。

2. 赔偿款开票问题：

   • 赔偿款是由于货物损坏而产生的，并非货物销售行为，因此不属于增值税应税范围。
   • 货物供应商在收到赔偿款后，应开具赔偿款收据给物流公司，作为双方赔偿协议的凭证。
   • 物流公司可以凭赔偿协议和收据入账进行税前列支。

3. 特殊情况：

   • 如运输公司选择重新购买新的货物补偿给购买方，这种情况下则需要给运输公司开具相应货物的发票，并按照货物销售的相关规定缴纳增值税。

总结：

运输货物损坏后的赔偿责任通常由承运人承担，除非有免责事由。赔偿款不需要开具发票，只需开具收据即可，且此行为是合法的。如遇到特殊情况，如运输公司重新购买货物进行补偿，则需要开具相应货物的发票。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。