修车店擅自拿走你的行车手册是违法的。下面我来详细解释一下：

首先，行车手册是车辆的重要法定证件，它记录了车辆的基本信息、维修记录等，是车主合法权益的凭证。根据相关法律法规，车主对行车手册享有所有权和保管权。

其次，修车店在未经车主同意的情况下，擅自拿走行车手册，侵犯了车主的所有权。这种行为不仅违反了民法典关于物权保护的规定，也可能构成对车主合法权益的侵害。

最后，如果修车店拒绝归还行车手册，车主有权要求其返还，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。例如，可以向当地消费者协会投诉，或者向法院提起民事诉讼，要求修车店承担相应的法律责任。

因此，修车店擅自拿走你的行车手册是违法的，你有权要求其返还，并可以通过法律途径维护自己的权益。如果你在这个过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。